Еще совсем недавно бухгалтерский учет в бюджетных организациях являлся по большей части лишь инструментом внешнего административного и финансового контроля над государственными предприятиями. Однако такая система не вполне соответствовала международной практике, что весьма отчетливо проявилось в последние годы по мере завершения перехода Российской Федерации к рыночной экономике.
С конца девяностых годов в системе бухучета на предприятиях, которые находятся на государственном финансировании, произошли значительные изменения. Так, бухгалтерский учет расчетов получил новую методологическую базу. Для различных отраслей и ведомств были изданы новые документы и новые редакции существующих нормативных документов, например: «План счетов бухгалтерского учета», «Положения о бухгалтерском учете и отчетности», «Инструкция по бюджетному учету», «Основные положения по составу затрат, включаемых в себестоимость продукции (работ, услуг)», и так далее.
Еще одной особенностью современного бухгалтерского учета в некоммерческих организациях является ориентирование на наиболее прогрессивные модели ведения учета, которые широко распространены и успешно применяются в развитых странах мира. К примеру, в настоящее время счета бюджетных организаций по операциям с бюджетными и внебюджетными средствами ведутся раздельно, с последующим составлением раздельных балансов. Объединение этих двух документов происходит лишь на стадии составления единого баланса предприятия.
Несмотря на кажущуюся трудоемкость, организованная подобным образом система ведения счетов позволяет эффективно разделять средства, заработанные собственными силами предприятия, от средств, которые были преданы ему в управление.
Также примечателен и тот факт, что получаемый организацией доход стал рассматриваться в качестве дополнительного источника бюджетного финансирования, вследствие чего учреждение освобождается от уплаты каких-либо налогов и сборов, предусмотренных Налоговым кодексом. Кроме того, в отличие от предприятий остальных организационно-правовых форм, учреждения, которые состоят на государственном финансировании, имеют право разрабатывать собственные модели распределения общехозяйственных расходов на предпринимательскую и бюджетную деятельность.
