Подразделение было создано как 13-я группа московской Группы «А» Седьмого управления КГБ СССР.
В настоящее время в состав Региональной службы специального назначения Управления ФСБ по Краснодарскому краю входят отделы в Краснодаре, в Сочи и в Новороссийске.
С момента своего создания краснодарская «Альфа» оставила свой боевой след на всем Северном Кавказе. Ее сотрудники были задействованы в локализации вооруженного конфликта между Северной Осетией и Ингушетией, они штурмовали больницу в Буденновске, шли на пулеметы и гранатометы в поселке Первомайском, а также участвовали в многочисленных боевых операциях в период второй «чеченской» кампании.
Несколько раз кубанский спецназ освобождал заложников на объектах авиационного транспорта — дважды в Минеральных Водах (1993 и 1994 годы) и в Махачкале (1994 год). 29 мая 1997 года в Майкопе при задержании особо опасного преступника, засевшего в квартире жилого дома, смертельное ранение получил прапорщик Александр Демин.
На Кубани под эгидой РССН и Ассоциации ветеранов «Альфа-Краснодар» регулярно проводятся Международные соревнования снайперских пар подразделений специального назначения. Своим рождением они обязаны капитану Виктору Лисовскому, погибшему в автокатастрофе в марте 2001 года при исполнении служебных обязанностей.
Тренируются сотрудники РССН на своей базе, расположенной в черте города, сообщает газета «Спецназ России».
Коллектив «Живой Кубани» поздравляет личный состав подразделения и ветеранов с юбилеем!